一般情况下，申请人需要到相关交通管理机关进行书面申诉，并提供相关证据。同时，应当自觉接受相应的扣分，对于扣分达到满分或达到吊销驾驶证的标准，则需要按照规定接受相应的处罚措施，如暂时或永久吊销驾驶证。总之，处理交通管理行政强制措施凭证扣分的方式最主要的是及时、依法、认真处理，并遵守相关的规定和程序。
根据中国交通管理法规定，驾驶人在交通管理行政执法过程中被处以强制措施（如罚款、扣留车辆等），一般会附带扣分。具体处理扣分的方式如下：
1.接到交通管理行政强制措施凭证后，应及时查看凭证内容，了解自己被处以何种强制措施和扣分情况。
2.如果认为处罚不当或存在争议，可以在规定的时间内提出申诉。一般情况下，申请人需要到相关交通管理机关进行书面申诉，并提供相关证据。
3.如果接受处罚并认可，可依据凭证上的要求，按时缴纳罚款并履行其他必要的强制措施。同时，应当自觉接受相应的扣分，对于扣分达到满分或达到吊销驾驶证的标准，则需要按照规定接受相应的处罚措施，如暂时或永久吊销驾驶证。
总之，处理交通管理行政强制措施凭证扣分的方式最主要的是及时、依法、认真处理，并遵守相关的规定和程序。如果有任何争议或异议，可以通过申诉的方式进行解决。